一、概念不同：
地源熱泵：是利用地球表層土壤中的水進行冬季供暖，夏季制冷。通過地源熱泵系統在冬季從地表土壤中提取熱量，將其存儲在一個大的地下深井中，在夏季進行能量釋放。通過系統的設計可以實現全年的供冷供熱。
水源熱泵：是利用地表水作為空調系統中的熱源和冷源，可以做到全年節能，是一種非常好的節能技術。
二、工作原理不同：
地源熱泵：以地表土壤作為空調系統中的熱源和冷源，冬季將土壤中的熱量提取到建筑結構內存儲；夏季利用系統向建筑物供熱或制冷。這種方式具有節能、環保、安全等優勢，但因技術上仍不成熟，存在許多問題，且成本較高，應用范圍受限制。
水源熱泵：以水源作為空調系統的熱源和冷源，可在夏季利用地下水作為空調系統中的冷源，冬季通過系統向建筑物供熱或制冷；不受地理位置、地質條件、水源條件等限制；運行過程中不需消耗大氣中的熱量和其它能源，環境效益顯著。
三、用途不同：
地源熱泵：一般應用可應用于賓館、商場、辦公樓、學校、居民生活小區
等建筑，更適合于別墅住宅的采暖。
水源熱泵：應用在多用于學校、醫院、車站、賓館酒店、商場、辦公樓等大型公共建筑。小型的水源熱泵更適合于別墅、住宅小區的采暖、供冷。
四、打孔方式不同
1.地源熱泵是戶外打孔，占地面積比水源熱泵要大。地源熱泵的打孔不需獲得要審批手續。
2.水源熱泵是在戶外打水井，但現在政府部門對鉆井審核非常復雜，水源熱泵的打井還需要水務局批準。
五、成本費用不同
地源熱泵：施工成本比較高，因為系統復雜，安裝難度大。地源熱泵對設計、施工和現場管理要求都很高，需要有專業技術人員參與。
水源熱泵：施工成本相對較低。